Vers la fin d'un XIXe siècle imaginaire et particulièrement gothique, le monde est envahi par des
démons : les Akumas. Dirigés par le Comte Millénaire, les Akumas occupent le corps des gens rongés par la tritesse et le désepoir. Pour faire face à cette menace, une organisation secrète essaie
d'emêcher cette invasion : Les Prêtres Noirs, ou Exorcistes.
Allen Walker est un jeune excorsite possédent un oeil et un bras étrange, réagissant à l'Innocence.
(Ce que l'on appelle « Innocences » sont les armes envoyées par Dieu aux hommes, dans la vision de lutter contres les Akuma). Suivant les ordres de son Maître, il se rend au quartier général de
l'organisation religieuse de l'ombre.Il va alors découvrir la guerre ancestrale que les exorcistes
mènent contre le Comte Millénaire et ses Akumas. Allen est rejeté très tôt par ses parents
biologiques à cause de son bras gauche anormal. Il grandit dans la rue seul et effectue des petits
boulots pour se nourrir. A 7 ans, il rencontre Mana Walker dans un cirque qui y travaille comme clown. Mana décide de s'occuper de lui et deviendra ainsi son père adoptif. Il le recueil un soir de Noël. Ils voyageront ensemble pendant 3 ans suite à quoi Mana mourra mystérieusement. Le Comte Millénaire lui demandera alors s'il souhaite ressusciter Mana. En acceptant, Allen le transforme en Akuma et Mana maudit Allen pour ce qu'il a fait. Il le blessera à l'œil gauche ce qui vaudra à Allen sa marque rouge (ainsi que la faculté de voir l'âme des Akuma par cet œil) et ses cheveux blancs. Son Innocence, jusque là inactive, réagira indépendamment de sa volonté et détruira Mana. Après ce tragique accident, il est récupéré par le Maréchal Cross Marian auprès duquel il apprendra le travail d’exorciste.
Au départ, il ne souhaite que libérer les Akuma mais au cours du temps il décidera que son bras
gauche sert pour les Akuma et son droit pour les Humains.